I laureati ottengono una formazione nelle nuove metodologie e tecniche dell'archeologia e della storia dell'arte.
L'apprendimento delle conoscenze avviene in stretta connessione con un quadro interdisciplinare di ricerca scientifica in modo da estendere ed approfondire le conoscenze e le capacità di comprensione raggiunte nel corso della laurea di primo livello. Esso parte dall'applicazione di metodologie e tecnologie avanzate di analisi dei beni artistici, come pure di indagine archeologica, rilievo, documentazione e analisi dei materiali. L'apprendimento diretto di tali metodologie è facilitato da stages e tirocini organizzati in laboratorio e in località di interesse artistico ed archeologico, anche in collaborazione con altre Università, Enti e Soprintendenze, sia in Italia che all'estero. La didattica dei corsi può essere completata anche da alcune lezioni previste per la Scuola di Dottorato in Studi Umanistici, ma aperte anche agli allievi della Laurea Magistrale.
Lo studio della storia dell'arte non si limita ai monumenti maggiori, ma dà ampio spazio ai vasti repertori di documenti d'archivio, come pure ai monumenti di minori dimensioni, come i prodotti della glittica, o dell'oreficeria e si articola nelle seguenti periodizzazioni: greco-romana, medievale, moderna e contemporanea. Esso presenta un'offerta formativa ampia e ben raccordata con le discipline storiche e letterarie.
La didattica svolta dai docenti delle letterature antiche abitua a conoscere gli autori fondamentali per la sua comprensione e a ricercare anche nella tradizione letteraria le chiavi di lettura generali. La forte collaborazione con gli studi storici deve fornire una capacità di valutazione non solamente estetica della documentazione, ma anche storica, sociale ed economica. All'interno dell'analisi dei monumenti e dei reperti si inserisce anche lo studio delle iscrizioni che li accompagnano. I corsi permettono di imparare ad usare i principali strumenti informatici per elaborare immagini e testi.
Il corso di Laurea Magistrale è unico e non diviso in curricula. A seconda del piano degli studi, il laureato può ottenere una formazione specifica nelle diverse periodizzazioni dell'Archeologia e della Storia dell'Arte, oppure una formazione fortemente diacronica, in base a percorsi formativi personali. Nell'ambito dell'Archeologia è data la possibilità di scegliere una formazione dedicata maggiormente alla classicità oppure all'orientalistica o alla protostoria. La didattica in ambito antichistico permette di approfondire problematiche importantissime per la Storia dell'Arte, quali la valorizzazione della classicità, oppure anche di motivi artistici egiziani o vicino-orientali nell'arte moderna. La metodologia archeologica apre nuove strade alla conoscenza dell'arte medievale, moderna e contemporanea, dato che essa non si limita allo studio dell'antichità, ma investe anche il Medioevo e arriva fino all'epoca contemporanea.
Gli esami previsti per il primo anno portano al conseguimento di 48 cfu comuni alle due classi di Laurea Magistrale 2 e 89.
Gli esami comuni alle due classi di Laurea Magistrale sono soprattutto quelli di carattere metodologico, la Museologia e Critica artistica e del restauro, e gli esami che riguardano l'archeologia classica e l'arte medievale, la quale costituisce il raccordo fra l'antichità e l'epoca moderna.
Nel secondo anno i laureati che intendono conseguire il diploma nella Laurea Magistrale 2 - Archeologia otterranno una formazione specifica nella storia antica e nella metodologia archeologica, quelli che intendono conseguire il diploma nella Laurea Magistrale 89 - hanno a disposizione la possibilità di ottenere una formazione specifica nella Storia dell'Arte, sia Moderna che Contemporanea.
Inoltre tutti i laureati hanno a disposizione una scelta entro un'ampia gamma di discipline, che permette di approfondire uno specifico ambito di studio, coerentemente con quello che sarà l'argomento della tesi di laurea magistrale.
All'atto dell'immatricolazione il laureato specifica quale titolo di studio intende conseguire e la sua scelta deve risultare definitiva quando si iscrive al secondo anno. Contestualmente alla scelta definitiva, dev'essere presentato il piano degli studi per l'approvazione del Consiglio di Corso di Laurea competente. Tale piano dev'essere coerente con la tesi di laurea magistrale che si intende presentare.